Sim, a variação de preços é proibida.
O sugerido, ao comércio que queira fazer isso, é cobrar o valor maior e informar, no caixa e de forma verbal, a existência de desconto com o pagamento preferido.
Lembrando que o comerciante não é obrigado a aceitar cartão, nem pix. Mas é obrigado a aceitar pagamento em espécie.