对债券利息收入所征收的增值税并不全部归中央，而是按照现行财政体制由中央和地方共享。具体分配比例为：

- **中央政府**：获得增值税收入的 **50%**

- **地方政府**：获得增值税收入的 **50%**

这种分配机制属于中国财政体制中的共享税模式，旨在平衡中央和地方之间的财政收入，确保地方政府拥有一定的稳定财源以支持地方公共服务和经济发展。

因此，如果一家上海的基金公司购买了南京政府发行的债券并获得利息收入，那么由此产生的增值税也将按照中央和地方各50%的比例进行分配，不会全部归属中央。