ここでいうgithub pagesってサーバーみたいなものとして言ってるので、カスタマイズというか、wordpressのように一から構築することができます。

デフォルトではjekyllというものを使ってファイルをhtmlに変換してgithubのwebサーバーに置く処理をします。

jekyllもいろんなテーマ(theme)が公開されています。最初はテーマを使ってみるのもいいかもしれません。

また、htmlへの変換を違うやり方で行うこともできます。

例えば、私はhugoというものを使っています。themeは自作していますね。