Essa encriptação é só para o trânsito, no caso, seu ISP (Nio, Vivo, etc) não pode ler o conteúdo, só a pessoa do outro lado.
Para ter acesso local dos e-mails offline, eles tem que ficar armazenado em algum lugar, no caso do Thunderbird, ele é armazenado em arquivos sem extensão dentro de pastas, como você pode ver aqui:
Se seu computador for nunca for levado, não tem problema, mas se um dia alguém roubar seu computador ou se o governo levar, basta ele pegar esses arquivos e abrir com uma ferramenta ou um leitor de arquivo de texto comum, 😨
Olha o e-mail da Adobe aí, estava no arquivo INBOX e abri com o Sublime, na pasta "C:\Users\
