Como opção, te recomendo baixar o _tar.xz (ou gz, ou bz2, ou .zip, etc.) dos seus programas favoritos direto de seus respectivos repositórios, e deixá-los numa partição fora do seu sistema. Assim, vc terá sempre acesso aos seus programas.

A desvantagem disso é que vc precisa, de tempos em tempos, baixar denovo os pacotes manualmente pra ter eles na versão mais atual.