对于用户的问题，如果一家上海的基金公司购买了南京政府发行的债券，并获得了1000万元的利息收入，由此产生的6%增值税应为60万元。根据中国的财政体制，这60万元的增值税将按照以下方式进行分配：

- **中央政府**：获得增值税收入的50%，即30万元。

- **地方政府**：获得增值税收入的50%，即30万元。

关于这30万元地方政府部分的具体归属，依据中国现行的财政体制，通常会归属到**债券发行方所在地的地方政府**。在这个例子中，债券是由南京政府发行的，因此地方政府分享的30万元增值税应归属**南京地方政府**。

总结：

- 中央政府获得30万元，

- 南京地方政府获得30万元。