デメリット

小規模なサーバーの集まりになりやすく、安定性や継続性にはサーバーごとに注意が必要です。

データの安定性もサーバーごとに異なります。

モデレーションは、相手の所属サーバーの運営者に依存します。

実装間で非互換なものは表示できません。例えばMastodonではMisskeyのカスタム絵文字が表示されないことがあります。(運営者がカスタマイズしている場合を除く)

バージョン管理などは運営者次第となります。

外からフォローできますが、サーバー単位でコミュニティが形成されていることが多いです。

サーバー間での通信遮断(ドメインブロック)は無視できない程度にあります。

サーバーごとに提供される機能が異なることがあります。