O problema do SMS é o man-in-the-middle. As mensagens não tem criptografia end-to-end e, portanto, são suscetíveis a esse ataque, além da facilidade natural de grampo por parte da operadora por qualquer motivo.

Por mais que isso possa mudar, o WhatsApp tem criptografia end-to-end e isso já de mostrou verdade em diversas oportunidades. Até mesmo as ligações pelo Whatsapp são muitos mais privadas em relação à ligação de operadoras.

Eu acho que é muito interessante largar o WhatsApp, mas acho que voltar para o SMS seria uma perda de privacidade enorme pelos motivos que citei. Há muitas outras alternativas. o problema apenas é a adesão.