哈佛与中共军事技术合作也备受关注。5月19日，美国国会三位重量级议员联名致函哈佛，披露其研究人员曾与中共军方相关的“国防七子”体系合作，进行由美国国防部（Department of Defense）资助的军事潜能研究，其中包括清华大学、浙江大学与华中科技大学等，领域涵盖机器人技术与光学应用。
根据信函内容，这些军民两用技术可能被中共军方用于战略发展与武器系统，构成严重国安威胁。
此外，哈佛与华为公司亦有合作历史，涉及人工智能与通信技术研究，直至美国政府将华为列入黑名单才终止相关计划。
哈佛前化学系主任、纳米技术教授利伯（Charles Lieber）因参与中共“千人计划”遭FBI调查，并于2023年定罪，引爆“学术间谍”与“中共人才招募计划”的警觉。利伯在接受美国政府上千万研究经费的同时，与中共政府资助单位有明确的财务往来。他于2025年4月成为清华大学深圳国际研究生院的全职讲席教授。
哈佛与新疆生产建设兵团（XPCC）的关系也成为近期批评焦点之一。XPCC是一支中共在新疆的准军事组织，因涉嫌迫害维吾尔族人与营运“再教育营”而于2020年被美国财政部列入制裁名单。
然而，美国国土安全部（DHS）披露，哈佛直到2024年仍接待该组织官员参与公共卫生训练课程，引发质疑其是否违反联邦法规。
同时，国会议员致函哈佛也提到，对该校涉及与中方合作的器官移植研究表达忧虑。英国《泰晤士报》报导，哈佛合作项目或涉及中共长年遭指控的“活摘器官”罪行，尤以使用法轮功学员、维吾尔人及其他宗教少数族群为主要对象。
美国2016年国会听证会中，有哈佛教授为中共洗白，其后甚至协助中共官员赴梵蒂冈参与“正名”活动。这些事件被视为西方学术机构在道德立场上的沦落，学术良知遭利益掩埋。
哈佛的中国情缘反映的是一种全球性的中共渗透模式──以教育合作、捐款、留学作为包装，实则达成政治与科技的双重目标。他直言：“中共不只是渗透一所大学，而是渗透整个制度。
中共与哈佛的长期合作并不单纯是科技或教育互利，其本质是中共针对西方制度弱点量身打造的认知作战与统战工程。中共将哈佛当成在美“第二系统”的一环──既能争取技术，又能培养代言人，对美国长远战略形成潜在威胁。
这种渗透并不限于哈佛，美国、英国、澳洲、甚至欧洲其它高校皆有类似案例。西方应正确认识中共政权的本质，不应再以自由开放心态对待一个极权体制的全球布局。
随着哈佛进入风暴核心，西方社会也逐渐意识到，学术合作不再只是学术问题。当合作对象是有系统性企图与政治目的的国家，学术自由与国家安全之间的界线必须重新划定。
这不仅是哈佛的问题，更是整个自由世界必须直面的挑战。
