对于港股通投资者来说，投资阿里巴巴W（9988.HK）和阿里巴巴WR（89988.HK）之间的主要区别确实主要体现在交易货币及汇率换算上。

以下是详细说明：

1. **交易货币不同**：

- 阿里巴巴W：以港元（HKD）计价，是港股市场主要交易的股票。

- 阿里巴巴WR：以人民币（CNY）计价，专为人民币投资者设计，方便大陆投资者用本币交易。

2. **汇率影响**：

- 由于两只股票的交易货币不同，投资者在买卖时会受到汇率波动的影响。例如，投资者通过港股通用人民币买入阿里巴巴W（港元计价），需要先将人民币兑换为港元；而投资阿里巴巴WR时则直接使用人民币，减少了汇率转换的步骤。

- 汇率波动可能会影响最终的投资收益，尤其是在持仓期间汇率发生较大变化的情况下。

3. **流动性差异**：

- 阿里巴巴W的交易量通常更高，流动性更好，买卖价差较小。

- 阿里巴巴WR作为人民币计价的衍生交易品种，交易量和流动性相对较低，可能会出现买卖价差较大的情况。

4. **投资便利性**：

- 对于大陆投资者来说，阿里巴巴WR在交易时无需进行货币兑换，省去了汇兑手续，操作上更为便利。

- 然而，由于流动性相对较低，部分投资者仍可能更倾向于选择交易活跃的阿里巴巴W。

5. **权益一致**：

- 尽管交易货币不同，但两只股票在股东权益上是完全一致的，代表相同的公司所有权和分红权利。

总结来说，对于通过港股通投资阿里巴巴的大陆投资者，选择W股或WR股的核心区别在于**交易货币的选择**以及**汇率换算带来的操作和成本差异**。除此之外，两只股票在权益、公司基本面等方面并无区别。