Se for Android o Orbot funciona como VPN. E quando você configura um DNS privado ele tem prioridade sobre qualquer VPN. Então, o servidor de DNS não terá conhecimento para resolver domínios *.onion.

Além de que seu provedor pode vazar que determinar acesso esta vinculado ao seu IP.

Em resumo, utilize somente o Tor/Ornot. Uma alternativa que supre tudo isso é o app RethinkDNS, mas precisa do Orbot instalado.