现代日本人的祖先可能来自古代绳文人、古代汉族人和古代朝鲜人等三个系统。

研究团队估计冲绳人的绳文血统最高（28.5%），其次是东北部（18.9%），西部最低（13.4%）。这些结果与先前的研究一致，表明绳文人和冲绳人之间的高遗传亲和力。

研究团队观察到关西的个体与汉族人具有最高的共同遗传漂变。相比之下，东北部的个体则拥有更多古代绳文人和古代朝鲜人的基因。