Na linha tomista, espírito é um termo mais genérico para tudo o que é imaterial e subsistente. Inclui a alma humana, mas também os anjos, que são espíritos puros, sem corpo. Alma é um tipo específico de espírito: a forma substancial do corpo humano. É o princípio que dá vida, organiza o corpo e permite o funcionamento vegetativo, sensitivo e racional.

Espírito e alma têm significados próprios, mas a alma é um tipo de espírito. A diferença está em que o espírito abrange a totalidade dos seres imateriais, enquanto a alma é especificamente o espírito encarnado que anima o homem.

Claro que tem muito mais coisa envolvida nisso, mas ficaria muito extenso abordar tudo aqui.