即使作为分税制首倡者之一，吴敬琏在晚年对这一制度的实行现状非常不满，在他看来，推行分税制的前提是必须清晰地划分中央与地方的事权和支出分配，然而这两项都被刻意地“回避”了，成了中央实现经济集权的手段。

首先是事权不清，特别是中央政府，将公共服务部分的大部分支出转嫁到了县以及县以下的政府头上，以2004年为例，地方财政收入在全国财政总收入中约占45%，但财政支出却约占全国财政总支出的约72%。

在中央上收省里的部分税权的同时，地方也上行下效。省里上收地市政府的财政税收，而地市一级就上收县乡财政税收，其结果是，省级以下地方政府的财权只余下不到17%的水平，却要负担80%的民生和绝大部分公共事务的支出。由于 “支出责任”的过度分散化，逼得地方政府不得不把自己变成“企业”去赚钱。

其次是转移支付制度不完善，中央将大部分税收持于手中，却不公开财政支出细目，拒绝建立对话协商机制，应转移到地方的那部分从来不与地方讨论，不接受监督，而是以“项目建设”的方式落实，投资及决策权力集中于国务院的发展改革委员会及各大部委，地方政府毫无话语权，只好在北京设立“驻京办”，出现了所谓“跑部钱进”的恶劣局面。地方一“跑部”，中央的权威当然就至高无上了。

这两个问题，直白地说就是：地方把大部分的钱交上去了，但要花的钱却越来越多，中央把大部分的钱收上来了，但怎么花却从不跟地方商量

1995年到朱镕基退任的2004年，中央财政收入平均占国家财政总收入的52%，但财政支出平均只占国家财政总支出的30%…

结果是国富民穷，高楼大厦与民何干?