どちらも静的ファイルだと思います。いまgithub pages の仕様をもう一度確認したのですが、github actions を使って、githubの仮想マシン上でhugoや他のサイトジェネレータを走らせることができそうです。なので、私がやってる程度であれば、どちらでも差はなさそうです。