はい、実際に文庫版とハードカバー版ではナンバリングが異なることがあります。

たとえば、長く人気のあるシリーズであれば、同じ物語ですが、作家や出版社によってナンバリングが異なっているケースがあります。そういう場合、読書家にとっては「このシリーズ」のどこにあって何巻目かという情報を知りたいと思うことがありますね。

文庫版とハードカバー版のナンバリングの差異については、そのシリーズを出版している出版社のホームページやブックサイトなどで情報が見つけることができます。