Como já foi dito nos comentários acima, talvez a sua desorganização não está relacionada à ferramenta mas sim ao método que está usando, pois o obsidian é uma das melhores ferramentas para esse propósito, dificilmente vai encontrar algo tão completo que te ofereça tantas possibilidades e se tiver um método bom vai funcionar com qualquer ferramenta até papel e caneta.

- Escolha um desses métodos pra usar: GTD, zettelkasten ou P.A.R.A.. também pode mais de um ao mesmo tempo..

- Faça uso de alguns plugins pra te ajudar, já testou o plugin "projects"? Muito bom!

- Use tags nas propriedades das suas notas pra relacionar elas melhor, o obsidian se torna muito mais eficiente com o uso de tags.

Se mesmo assim ainda estiver decidido a largar o obsidian experimente o "capacities" ou o "anytype" os dois funcionam de forma semelhante mas são um pouco diferentes do obsidian e podem parecer confusos pra quem vem do obsidian mas se dedicar um tempo pra aprender usar vai ver que são muito poderosos.

Boa sorte!