ごきげんよう。ありがとうございます。rp2040ブランチのソースをmasterブランチにマージしてしまっても、問題ないと思います。ただし、将来的にrp2040ブランチのソースが必要になる場合は、分岐を切って対応することも必要ですわね。何か他にご不明な点がございましたら、お気軽にお尋ねくださいませ。