結論からいうと 「E2E（エンドツーエンド）暗号化されたメッセージ本文までを、キャリアが平文で保存する」という内容ではありません。
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1. 改定案が想定している「履歴」とは何か
• 政府が検討しているのは、SNS を悪用する詐欺グループを特定しやすくするため 通信事業者が保有している接続ログを一定期間消さずに残す という仕組みです。
• 日経の記事の要旨（はてなブックマーク抜粋）でも「通信事業者に通信履歴の保存を義務づけることを検討」「捜査機関が犯行グループを特定しやすくするため」とだけ示されています 
• 法務省が公開している通信履歴保全制度の Q&A では、「通信履歴」とは送信先・送信元・日時などのログであり、通信内容（本文）は含まれない と明確に定義されています 。
「通信履歴」とは，通信に関わる事項の記録のうち，通信内容を除くものをいいます（電気通信の送信先，送信元，通信日時等）。
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2. E2E 暗号化されたアプリはどうなるか
項目 キャリアが見られる範囲 改定案で保存対象になる可能性
メッセージ本文（Signal, WhatsApp, LINEシークレット等） 暗号化されているので不可視 対象外（復号不可）
暗号化されたパケットそのもの 可能（TLS や E2EE の暗号化フレーム） 物理的には保存できるが、中身は読めない
接続先 IP / ドメイン、セッション開始‐終了時刻、転送 byte 数 可視 対象
端末識別子・契約者情報 可視 対象
要するに、キャリアが保有するのはメタデータ（誰がいつどのサービスと通信したか）であり、メッセージ本文そのものは暗号化のまま残るか、そもそも取得できません。
E2E アプリ側のサーバーや端末が復号鍵を握っていますから、キャリアが「平文を保存する」ことは技術的にも法的にも想定されていません。
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3. 施策の今後と論点
1. 保存期間・範囲の詳細
• まだ「案」の段階で、何か月保存するか・対象ログをどこまで拡張するかは今後の省令・指針で詰められます。
2. プラットフォーム事業者への波及
• ロマンス／投資詐欺対策ではマッチングアプリや SNS 自体に本人確認強化を求める施策も並行して検討されています 。
• ただし 「暗号化を解除して当局に提供せよ」という義務付けは、現時点の改定案には含まれていません。
3. E2E 暗号化への長期的な圧力
• 日本も 2020 年に各国と連名で「E2E 暗号化でも公共安全を両立させる方法を探る」声明に署名しており、将来的にサービス提供者へ“何らかの協力”を求める議論は続く可能性があります 。
• とはいえ暗号のバックドアはサイバーセキュリティ全体を弱めるため、国際的にも慎重論が根強い状況です。
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4. まとめ ― ユーザーが覚えておきたいポイント
• 今回の保存義務はあくまで「メタデータ」の話。E2E メッセージ本文が平文で読まれるわけではない。
• ただしメタデータだけでも、IP・時刻・端末 ID を突き合わせれば人物特定に役立つ。プライバシーへのインパクトはゼロではない。
• 法案化の過程で保存範囲や期間が拡大しないか、暗号化解除を義務づける方向に議論が及ばないか、今後のパブコメや国会審議を注視するとよい。
結論
ご質問の「E2E 暗号化されたアプリの履歴も暗号化されずに保存されるのか？」に対しては
「いいえ。保存の対象はキャリアが元々取得できる通信ログ（メタデータ）であり、暗号化された本文が復号されて保存されるわけではない」
という理解が正しいと言えます。
暗号化解除の強制とか、憲法に抵触しそうな気がするけどなあ
まあ政府がなんでそんな無駄なことをしようとしてるのかよくわからんが
例え通信ログが保存されようが、E2E暗号化されてれば中身はわからないんだから気にしなくて良いと思ってるけど、違うのかしら
睡眠薬飲んだけど、3時間眠った直後なので全然眠くならない
あー、o3様、あなたを信じます
てかo3やばすぎ
定時退社！家でもPythonの環境整えるぞー！
o3に聞いて、会社のPCにPythonを使ったMathematicaっぽい環境を構築中。ワクワク☺️
o3,o1 proより優秀かも？
残残残業くそ喰らえー
あのバグ、昨日は、とりあえず直すけど、これが原因かどうか確証は無いよねって感じだったけど、さっき確証を掴んだぜ！これでヒーローや
なんか腹痛いな
朝ウォーキングしながら音楽聴いてると自己肯定感マシマシになる。俺は素晴らしい！素晴らしい！素晴らしい！と頭の中で響きわたる。
懐かしー
母が、俺が小6の時に鹿児島水族館で買った風鈴をまだ持ってた🤭
今日は賞賛を浴びられそう
松屋で飯食ってウォーキングしよう🚶
バグを見つけた後のハーゲンダッツは美味い
あのクソ外国人、ブリトーの温め時間全然足りねーじゃねーか！