Eu usei disquetes e é uma mídia muito delicada. Imagina um "HD flexível" muito mais frágil, mais lento e com menos capacidade. Isso é o disquete. Fora que é preciso ter uma blindagem boa para não perder dados, pois a gravação é eletromagnética.

Acho que para o longo prazo a melhor forma de armazenar dados que não serão alterados ou reescritos é com discos M-Disc.