しかしRPI Picoだと悪意あるプログラムが容易に秘密鍵を読み出せるのでハードウェア分離の意味あるかなぁ。

ボード付きだとちょっと高いけど、STM32L432ならマイコンからしかアクセスできないセキュアメモリ機能があります。