新教的改革是从文艺复兴开始的，但是，我们也应当知道，整个过程中，都是各自的教派都为自己争取统治地位，例如，路德教派取得权力后会压迫其他教派，麻州的奎克教派占据权力后，又排挤清教……

宗教一旦掌握权力，其本质与世俗政权一样。但宗教保持在政治之外，则对个人行为的指导会对世俗社会有益。这就是杰斐逊强调政教分离的主要原因。