Tem como doar diretamente aos desenvolvedores, tanto que em alguns clients, inclusive no proprio Amethyst, de vez em quando pedem isso.

Mas pode doar também através dos clients de doação, principalmente projetos que estão no Geyser e no Heya!, que são de crowdfunding.

Mas eu recomendaria ir atrás de projetos que você mais gostar e se comunicar com os desenvolvedores antes de doar, para não correr o risco de financiar algo que você não quer ou um projeto que acabou.

Na aba de notificações do Amethyst sempre pedem doações:

FreeFrom é sofrível

O amerthyst é mais refinado