Porque os dois são 'botados' (colocados) e os dois são 'calçados' (revestidos), no caso o pé é calçado com a bota e a perna é calçada com a calça.

Fora que calça e calçar tem mesma origem, já bota e botar convergiram para a mesma palavra na conjugação da terceira pessoa do verbo botar. Bota vem originalmente do gótico 'butis' (bolsa) e botar vem do francês 'boter' (colocar), já bem parecidos.