Tente se dá para desabilitar a atualização automática.
Discussion
É perigoso mesmo? O sistema não pode nem permissão de super usuário para instalar.
É porque o sistema flatpak necessita instalação. Ê um executável direto.
Eu não acho perigoso, nem desconfio. Mas se você tem desconfiança pode tentar fazer isso.
Meus flatpaks são de sistemas open source, seria mais preocupante se fossem proprietários.