O WhatsApp proíbe esses forks e até bloqueia. Os desenvolvedores estão bastante avançados em termos de indetectabilidade, mas ainda pode acontecer se a pessoa usar para comportamentos incomuns que uma pessoa com o APP oficial não conseguiria, como encaminhar para mais de 5 pessoas de uma vez.
Sobre a federação, ouvi dizer também. E acho que isso enfraquece a privacidade e segurança dos apps. Espero que isso nunca seja feito.