O julgamento era baseado em interrogatório e investigação.

Os acusados eram avisados previamente que estavam sendo investigados. Eram investigadas coisas como, por exemplo, se o acusador tinha alguma pendência ou problema com o acusado, o que poderia motivar uma falsa acusação.

O acusado tinha direito a um defensor, desde que este se encaixasse nos requisitos do inquisidor.

A qualquer momento da investigação, se o acusado assumisse a culpa e demonstrasse arrependimento, era absolvido ou a pena aplicada era branda, como um serviço comunitário. Os hereges podiam se apresentar ao inquisidor para serem absolvidos e se reconciliar com a Igreja. Mas em casos de relapso (voltar a cometer o mesmo erro após jurar não cometer) a condenação era imediata.

Os acusados poderiam arrastar o processo por anos, fazendo uso do apelo ao papa. Isso numa época em que a informação demorava dias, semanas ou meses pra chegar nos locais de destino.

O caso Galileu, por exemplo, se prolongou por 20 anos.

Sobre a tortura, ela era usada muito raramente e era considerada como pouco eficiente devido à natureza da ação como meio para se conseguir a verdade.

Ela era extremamente regulamentada e sobre estrita supervisão. Seguindo o princípio do “Ecclesia abhorret a sanguine”, ou seja, a Igreja abomina o sangue. Sendo assim, a tortura não poderia arrancar sangue.

Pela sua ineficiência em alcançar a verdade, caiu em desuso já pela metade do século XIV.