Não é tão simples, essa percepção de espíritos aconteceu em quase toda a humanidade de forma independente, portanto pode vir de uma questão humana geral...
Chuto que venha da mistura da noção de "substância", com a noção de "vida" e com a tendência do ser humanos se projetar em outras coisas, como ao personificar objetos e fenômenos da natureza, tipo: O "espirito da montanha", o "espirito da floresta", "do céu", "da árvore"...
O termo "espírito" em si tem raiz no latim "spiritus", que significa "respiração", "sopro", e pode ter vindo da percepção de que os seres vivos tinham em geral capacidade de respirar e quando morrem se esvaziam de ar.
Já a noção de um "espectro" que vagueia por aí, ou sobe, quando a pessoa morre, pode ter vindo da observação dos gases de decomposição que saem dos túmulos do cemitério.
